En la acuacultura los desechos biologicos se acumulan en el agua incrementando la toxicidad para los peces y otras especies acuaticas. Esta agua es dirigida al sistema hidroponico donde es filtrado por las plantas que utilizan los nutrientes, dejando así el agua lista para ser recirculada hacia los animales. El término acuaponía es una contraccion (portmanteau) de las palabras "hidroponía" y "acuicultura".
El costo inicial de la instalacion, de tanques de plomeria y bombas y de cajas para el sembradio.
Es cierto que un diseno cuidadoso minimiza riesgos, pero los sistemas de acuaponia pueden tener multiples 'puntos de falla' en donde los problemas como una falla electrica o un bloqueo de tuberia puede llevar a la perdida completa de los peces.