Native Apps werden speziell für ein Betriebssystem, z.B. iOS programmiert und laufen dann ausschließlich auf iOS Geräten, also iPhone und iPad. Dadurch ist sichergestellt, dass alle Schnittstellen zur Hardware einheitlich funktionieren und die Ressourcen des Geräts optimal genutzt werden.
Ein Web App ist grundsätzlich nichts anderes, als eine speziell programmierte HTML5 Website, die das Endgerät erkennt und den Inhalt optimiert dafür darstellt. Das hat den großen Vorteil, dass jedes Endgerät, das über einen Browser verfügt, die App nutzen kann. Je nach Anforderung an die App können also native Apps oder Web Apps die bessere Wahl sein.