Como en Cantabria solo había un instituto, el de Santa Clara. Al final se decidió construir otro instituto en la Calle General Dávila el instituto I.E.S José
María Pereda.
Estos dos instituto no eran mixta se dividían por género. El de Santa Clara eran para chicas y, el de José María Pereda eran para chicos.

En 1908 se levantó el instituto en el solar que ocupaba el único y antiguo instituto cántabro en el desamortizado convento de Santa Clara. El "Instituto General y Técnico" -como así se llamaban en un principio- se inauguró en 1916, para más tarde denominarse "Instituto de Enseñanza Media" José María de Pereda.

De carácter mixto en un principio, este Instituto de Enseñanza Media fue con el tiempo dividido allá por la década de los 60 del siglo XX en dos: el instituto femenino, que seguiría utilizando el mismo edificio, rememorando con su nombre el lugar a que dio origen, Instituto de Enseñanza Media Santa Clara; y el instituto masculino, para cuya sede se construyó un edificio de planta más moderna en la Avenida del General Dávila, y con la denominación de Instituto de Enseñanza Media José María de Pereda, en honor al ilustre autor montañés del siglo XIX.

La división se lleva a cabo en todos los órdenes: profesores, instalaciones e incluso libros (por ello, hoy en día aún conservamos en nuestro centro una buena colección de auténticas joyas bibliográficas, incluido el expediente académico del insigne sabio Don Marcelino Menéndez Pelayo).

Nuestro instituto actual, más tarde recalificado en Instituto de Bachillerato, fue construido en el solar que ocupaba el antiguo campo de fútbol "Miramar", habilitado a su vez sobre la gran explanada (por aquel entonces prácticamente vacía) en los años 20 del siglo pasado.


Expediente académico de M. Menéndez y Pelayo

Desde sus inicios, el "Pereda", como se le conoce de inmediato, destaca especialmente por su actividad deportiva; el ahora remozado pabellón, en aquella época único en toda la provincia, vio desfilar importantes equipos de diferentes especialidades, destacando las disciplinas de balonmano y, de modo muy especial, el boley-ball, deporte este en el que el nombre del Instituto se paseó por todo el país.

Convertido ya en instituto mixto, el Pereda pasa a impartir el nuevo B.U.P. y se suma a sus actividades la del Bachillerato Nocturno que se conservó hasta el curso 97/98. Fue por aquel entonces cuando las Nuevas Tecnologías se empezaron a hacer patentes en el instituto: Se creó la página Web del instituto, o como se dice ahora, "la primera temporada" de la Web del "Pereda", gracias al impagable trabajo de algunos profesores entre los que destacaba D. Julio Nieto (prof. de Francés).

Al año siguiente se implanta la Educación Secundaria Obligatoria, pasando entonces su denominación a la actual Instituto de Enseñanza Secundaria. Fueron tornando también los cursos del antiguo Bachiller en el nuevo Bachillerato que hoy conocemos.